Με ομόφωνη γνωμοδότηση του Κεντρικού Αρχαιολογικού Συμβουλίου, το νησί της Μακρονήσου κυρήχθηκε εξ’ ολοκλήρου αρχαιολογικός χώρος.
Για την ιστορία, η Μακρόνησος από τον Απρίλιο του 1947 καθώς και την περίοδο του Εμφυλίου χρησιμοποιήθηκε ως στρατόπεδο «εθνικής αναμόρφωσης» για χιλιάδες κομμουνιστές, πολιτικούς κρατούμενους και λιποτάκτες στρατιώτες.
Από το 1989 έχει κυρηχθεί ιστορικός τόπος, ενώ τα κατάλοιπα των στρατοπέδων του νησιού αποτελούν από τότε διατηρητέα κτήρια. Μάλιστα, το 1995 θεσμοθετήθηκαν με ΦΕΚ ειδικές χρήσεις γης στο νησί.
Το 2015, στην περιοχή της Μακρονήσου οριοθετήθηκαν και κηρύχθηκαν πέντε αρχαία ναυάγια που χρονολογούνται από τη μέση ελληνιστική έως και τις αρχές της υστερορρωμαϊκής περιόδου.
Τα πρώτα ανθρωπογενή κατάλοιπα στη Μακρόνησο ανάγονται στα τέλη της 4ης χιλιετίας π.Χ. ενώ ο πρώτος εντοπισμένος οικισμός του νησιού ιδρύθηκε στη θέση Προβάτσα, στα δυτικά του νησιού, κατά την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού. Ιδιαίτερη σημασία έχει η μεταλλουργική δραστηριότητα που αναπτύχθηκε εκεί, παράλληλα με την αντίστοιχη δραστηριότητα στον Θορικό της Αττικής, όπως καταδεικνύουν τα λείψανα κυπέλλωσης μολυβδούχου αργύρου που έχουν εντοπιστεί.
Κατά τους αρχαϊκούς χρόνους ιδρύθηκε λίγο βορειότερα, στην περιοχή όπου βρίσκεται ο σημερινός Ι.Ν. του Αγίου Γεωργίου, ο κύριος οικισμός του νησιού η χρήση του οποίου μαρτυρείται, με τα δεδομένα της έρευνας πεδίου, έως τον 6ο/7ο αι. μ.Χ. ενώ έχει εντοπιστεί και το νεκροταφείο της κλασικής περιόδου.
Αξιοσημείωτη είναι η μεγάλη διασπορά αρχαιολογικών θέσεων των ιστορικών χρόνων σε όλη την έκταση του νησιού, τόσο στα παράλια όσο και στην ενδοχώρα, κάτι που συνδέεται τόσο με τη μεταλλοφορία του νησιού όσο και με την κρίσιμη γεωγραφική του θέση στο Αιγαίο.
